Supongo que tiene múltiples funciones con la misma ID y no multipunto real. Si es necesario, también hay una solución con multipunto real, hágamelo saber.
Puede agregar un campo entero a su archivo de forma que complete con 1 si desea mostrar la etiqueta para estas características y 0 para otras.
Luego, en el renderizador de la etiqueta, use la propiedad definida por datos para mostrar o no etiquetas.
EDITAR:
La respuesta de @Kazuhito me dio una idea para ir más allá.
También puede agregar dos campos (x_lbl e y_lbl, por ejemplo) y usarlos para obtener un control total sobre la ubicación de su etiqueta mediante el uso de propiedades definidas por datos para la ubicación de la etiqueta. Rellene estos campos con las coordenadas donde necesita su etiqueta, luego puede modificar fácilmente el lugar desde la interfaz QGIS. Busque estos botones: