Para ser sincero, parece que SAGA depende en gran medida de otros proyectos OpenSource para la funcionalidad de procesamiento (por ejemplo, GRASS, gdal, proj.4, etc.)
Puede ser mucho más simple instalar QGIS Desktop GIS y luego escribir un QGIS Python Plugin (s) para hacer lo que le gustaría hacer. Es probable que tenga acceso programático a gran parte de la funcionalidad disponible a través de SAGA.
En una nota al margen, a pesar de que SAGA tiene licencia bajo la GPL, no creo que tenga problemas legales al escribir un script que combine el código ESRI y SAGA, pero posiblemente podría haber problemas con la publicación del código en ArcScripts.