Existen diferentes métodos según lo que desea lograr, la cantidad de datos que tiene y lo bonita que la quiere. Su idea es una buena idea y probablemente funcionaría bien. Por supuesto, otra respuesta obvia es mostrar todas las relaciones todo el tiempo, pero eso agregaría mucho desorden visual. Quizás un buen compromiso es mostrar siempre todas las relaciones pero en un color semitransparente para que apenas sean visibles. Luego, cuando un usuario hace clic o pasa el mouse sobre un punto de datos, los enlaces desde ese punto se volverán opacos.
Una cosa que puede hacer para que los mapas sean un poco más visualmente agradables e intuitivos es usar líneas curvas en lugar de líneas rectas para conectarse a los puntos de datos. Esto funciona en dos dimensiones o tres dimensiones . También puede hacer cosas interesantes jugando con los colores y el nivel de transparencia de las líneas .
Una solución muy agradable y elegante es el Mapa de flujo . Esta visualización también sería más interesante si agrega la interactividad de poder pasar el mouse o hacer clic en un punto de datos y ver los puntos de datos de conexión.
Dejaré que otros hablen con ArcGIS y QGIS, pero recomendaría probar protovis . Es un lenguaje específico de dominio para visualización construido sobre JavaScript, por lo que debería hacer que algunas de estas visualizaciones sean relativamente fáciles. La página Mapa de flujo incluye código en Java, que puede traducir a otros idiomas / plataformas. Probablemente no sería demasiado difícil traducir el código del Mapa de flujo a Protovis, aunque no lo he intentado.
