¿Hay alguna manera de obtener las distancias para el segundo vecino más cercano entre dos patrones de puntos en R? El paquete spatstat tiene una función llamada nncross pero solo se aplica a los vecinos más cercanos entre dos patrones y necesito las distancias a los segundos vecinos más cercanos.
Respuestas:
La función get.knnx en el paquete FNN puede calcular los N vecinos más cercanos en patrones de puntos.
x1 = cbind(runif(10),runif(10))
x2 = cbind(runif(10),runif(10))
nn = get.knnx(x1,x2,2)
ahora nn $ nn.index es una matriz tal que nn $ nn.index [i, j] es la fila en x1 de los dos vecinos más cercanos a la fila i en x2, ordenada de modo que la más cercana sea [i, 1], y el próximo vecino es [i, 2].
La función también le devuelve las distancias y tiene algunas opciones para calcular índices espaciales para búsquedas muy rápidas.
Acabo de descubrir que Spastat tiene una función de crossdist .
Descripción
Calcula las distancias entre pares de 'cosas' tomadas de dos conjuntos de datos diferentes.
Toma dos patrones de puntos X e Y como entradas, y devuelve la matriz cuya entrada [i, j] es la distancia de X [i] a Y [j]. Para obtener los segundos vecinos más cercanos usando crossdist:
xdistances <- crossdist(X, Y) #Get all cross distances
nn = numeric()
for (i in 1:nrow(X)) {
xdistance <- sort(xdistances[i,], partial=2)[2]
nn <- append(nn, xdistance)
}
Sé que ya acepté la respuesta de Spacedman, pero me gustaría compartir cómo lo hice de otra manera.
La función nndisten el spatstatpaquete tiene un argumento kque determina el orden de los vecinos. Para obtener la segunda distancia vecina más cercana, use k=2. Para obtener el primer y el segundo vecino, use k=1:2.