Puede usar GrassGis que se instala junto con Qgis. Existe la herramienta r.in.wms que hará el trabajo.
Está en segundo plano creando un archivo de texto con las consultas GetMap y reemplaza la extensión de cada mosaico. Así que lo configura con la región correcta, el tamaño de los mosaicos que desea tener, el tipo de imagen (dependiendo de lo que ofrece el wms) y eso es todo. Luego envía las consultas automáticamente una tras otra utilizando wget. Después de que haya terminado, debes fusionar las fichas.
La desventaja es que necesita aproximadamente 1-2 horas para poder llevarse bien con GrassGis lo suficiente como para establecer la extensión de la región e iniciar la herramienta (GrassGis es bastante diferente de otros sistemas Gi)