Ambos ejemplos son sistemas de coordenadas. La diferencia es que WGS 1984 es un sistema de coordenadas geográficas, y UTM es un sistema de coordenadas proyectadas. Los sistemas de coordenadas geográficas se basan en un esferoide y utilizan unidades angulares (grados). Los sistemas de coordenadas proyectadas se basan en un plano (el esferoide proyectado sobre una superficie 2D) y utilizan unidades lineales (pies, metros, etc.).
Más aquí: ¿ Diferencia entre los sistemas de coordenadas geográficas y proyectadas?
Para responder a su segunda pregunta, un sistema de coordenadas (ya sea geográfico o proyectado) y un sistema de referencia de coordenadas se refieren a lo mismo.