Debes mirar el paquete rgdal , específicamente la writeOGRfunción.
Por ejemplo, descargué por primera vez los archivos de forma de "Estados y provincias" de 110 m de resolución de Natural Earth , descomprimiéndolos en ~/scratch/ne_110m_admin_1_states_provinces. Los leí en R a través de:
library(rgdal)
setwd("~/scratch")
states <- readOGR(dsn="ne_110m_admin_1_states_provinces",
layer="ne_110m_admin_1_states_provinces")
En este punto, el objeto stateses a SpatialPolygonsDataFrame. Ahora creo un nuevo directorio (" tempdir") y guardo los archivos de forma allí:
dir.create("tempdir")
writeOGR(obj=states, dsn="tempdir", layer="states", driver="ESRI Shapefile")
Las formas ahora se guardan en el directorio ~/scratch/tempdir, como archivos states.shp, etc. Puede hacer lo mismo con un SpatialPointsDataFrame, solo vea el primer ejemplo en la documentación de la writeOGRfunción.
rgdal::writeOGR