La elevación sobre el elipsoide (altura elipsoidal) es la elevación sobre un modelo matemático que se aproxima a la forma de la tierra. El actual más común es WGS84. Estas son las elevaciones que obtendrías de un GPS.
Las alturas ortométricas se miden por encima de la superficie geoide o equipotencial, es decir, la superficie de igual gravedad. MSL es "nivel medio del mar", que se supone que se aproxima aproximadamente a la superficie equipotencial, pero obviamente no se puede medir directamente tierra adentro.
A diferencia del elipsoide, el geoide no puede ser representado por una funciónes complicado (vea el comentario de 2NinerRomeo), por lo que las conversiones tienen que usar un ráster de desplazamiento de cuadrícula para encontrar la separación elipsoidal en cualquier ubicación dada. NRCAN tiene una página decente que describe estas cosas .
Si tiene alturas ortométricas (por ejemplo, MSL), deberá transformarlas utilizando el archivo de desplazamiento de cuadrícula apropiado.