Realmente depende de lo que necesite hacer con los datos.
Por ejemplo, si solo necesita mostrar puntos vectoriales en la parte superior de un mapa base, puede crear un script muy simple del lado del servidor (en Python, .NET, PHP) para publicar datos espaciales de su base de datos. La capacidad de PostGIS para servir GeoJSON hace que esto sea trivial.
Servir funciones únicas como KML y crear cuadros delimitadores también se puede manejar más fácilmente directamente con un script simple y una base de datos. Las teselas prefabricadas también permiten (posiblemente) un software del lado del servidor más simple como TileStache .
MapServer o GeoServer en estos casos serían una gran sobrecarga por poco beneficio. Y hay una gran sobrecarga en la configuración y el mantenimiento de cualquiera de estas aplicaciones y sus dependencias asociadas, especialmente si necesita implementar en un servidor compartido o tener acceso restringido.
Como Ian menciona, hay muchos beneficios de usar el software de servidor de mapas. Probablemente, el principal beneficio son las opciones cartográficas para mostrar datos dinámicamente. Están disponibles también estándares OGC, proyecciones, consultas de atributos, leyendas, metadatos, almacenamiento en caché, seguridad, diferentes formatos espaciales, diferentes formatos de imagen, impresión, etc.