Este tema ha aparecido aquí: Crear Shapefile con clave primaria de incremento automático en QGIS
Mis sugerencias serían:
1) Las bases de datos SQLITE / SpatialLite admiten el incremento automático en un campo establecido en INTEGER PRIMARY KEY:
En un INSERT, si la columna ROWID o INTEGER PRIMARY KEY no recibe explícitamente un valor, se rellenará automáticamente con un entero no utilizado, generalmente el más grande que el ROWID más grande actualmente en uso. Esto es cierto independientemente de si se utiliza o no la palabra clave AUTOINCREMENT.
Cada vez que edita / crea polígonos, puede completar sus atributos, y SQLITE le dará un valor único incremental en el campo que ha establecido en el tipo INTEGER PRIMARY KEY.
Cuando esté listo para exportar a GEOJSON, estará listo con su ID ÚNICA.
2) Si usa Shapefiles, cree un campo OBJECTID de tipo INTEGER y use una expresión de calculadora de campo para llenar ese campo cada vez que edite / cree polígonos y necesite exportarlos. Perderá la identificación original que tenía un polígono, pero esta es la única forma de lograr esto usando .SHP. (Tendré que encontrar la expresión de la calculadora de campo).
PostGIS es otra fuente de datos que puede explorar, aunque es más difícil que SQLITE, puede encontrar valor en un sistema de este tipo a medida que avanza ...