Solo una pequeña adición: si también desea cambiar el CRS del archivo exportado y agregar más prefijos y sufijos, puede modificar el script de la siguiente manera:
from qgis.core import *
import os
pathToFile = "S:\\pathway\\"
trs = QgsCoordinateReferenceSystem()
trs.createFromId(31370)
suffix = "_Lambert1972_Versie2016-01-04"
prefix = "Transect_Vuursalamander_"
layers = iface.legendInterface().layers()
for layer in layers:
newName = prefix + layer.name() + suffix + ".shp"
ret = QgsVectorFileWriter.writeAsVectorFormat(layer,pathToFile + newName,'utf-8',trs,'ESRI Shapefile')
if ret == QgsVectorFileWriter.NoError:
print newName + " saved to " + pathToFile + "!"
El 31370 se puede reemplazar por el EPSG del CRS en el que desea que esté el archivo exportado.