Si ya tiene datos visuales como un mapa base y solo necesita seleccionar características, el WFS funcionaría muy bien para eso. Sin embargo, si necesita un componente visual para acompañar su selección, un servicio WMS le brindará un mejor servicio, ya que fue creado para eso.
Aunque escuché su caso de uso como lo describió, yo personalmente usaría un servicio WMS.
Además, el Blog de GeoServer es una excelente reseña sobre los dos servicios y cuándo debe aprovecharlos.
Editar: en una nota adicional, si está haciendo algo más que simplemente consultar los datos de la función, como regla general solo uso WFS, sobresale cuando se trata de manipulación de datos en comparación con los otros servicios OGC que he usado últimamente. Además, tome eso con un grano de sal, eso es exactamente lo que había experimentado en mi uso de los servicios, por lo que he adjuntado los enlaces anteriores y siguientes.
Estándares OGC:
WMS
WFS