Respuestas:
1) crea polígonos donde tengas un agujero. Esto se puede hacer con la herramienta "diferencia" (simplemente dibuje manualmente un polígono grande en otra capa, o hágalo con la herramienta buffer).
2) seleccione los polígonos que tengan menos de 200 m² y combine aquellos con su archivo de forma original (puede usar la herramienta de unión).
3) usa la herramienta de disolución para volver a un solo polígono
Buscando en Google un poco, llegué a conocer este plugin experimental " timbre " para qgis, que parece ser bueno para su tarea. Si esto funciona (no lo probé), esto te permitiría convertir tus agujeros en polígonos. Luego crearía un nuevo campo en la tabla de atributos de los nuevos polígonos y calcularía su área (con la calculadora de campo). Luego fusionaría los polígonos de los agujeros con su polígono original, seleccionando solo aquellos agujeros que sean más grandes que 200m2. Espero que esto ayude.
1) Polígonos a líneas
2) Líneas a polígonos
3) disolver
4) Seleccione polígonos del punto 2) <200 m2
5) Diferencia de polígonos desde el punto 3) con polígonos desde el punto 4)