Si eres completamente nuevo en la programación 3D, y especialmente si eres nuevo en la programación COM y Windows, te recomiendo encarecidamente que no aprendas DirectX ahora. En mi experiencia, DirectX es una herramienta extremadamente poderosa, pero tiene una curva de aprendizaje muy empinada, que debes considerar además de las curvas de aprendizaje de la programación de Windows, la programación 3D y muchas otras. Si comienza con DirectX, puede sentirse abrumado por todos los detalles de hacer código repetitivo, por lo que le aconsejo que no lo haga.
En cambio, recomendaría una API más simple que le permita centrarse más en aprender sobre programación 3D. XNA es bastante agradable, y dado que se encuentra en la parte superior de DirectX, una vez que se mude a DirectX, tendrá algunas ideas que harán que la curva de aprendizaje de DirectX sea mucho más fácil de asumir.
Ahora, si tiene experiencia en programación 3D, como con OpenGL, y sabe cómo hacer programación COM, recomendaría DirectX 11. Cualquier cosa que no sea la última versión es obsoleta, y cualquier experiencia que obtenga será útil para un lapso de tiempo más corto
Pero, de nuevo, la verdadera experiencia proviene de la variedad, por lo que te recomiendo que aprendas tanto DirectX como OpenGL, y también XNA si lo deseas, y tantas API como puedas. De esa manera, tendrá un conocimiento abstracto de cómo funciona la programación 3D con diferentes herramientas, y podrá utilizar la herramienta adecuada para cada trabajo.