En primer lugar, recomendaría C # sobre JavaScript para programar en Unity por dos razones principales. La primera razón se reduce a la diferencia de escritura fuerte / débil que descartaste. Creo que la mecanografía fuerte funciona mejor que la mecanografía débil a nivel conceptual, pero, francamente, ese es un argumento muy grande que la gente tiene, por lo que me centraré más en un tema práctico específico: implementar en iOS (y posiblemente otras plataformas también, pero ese es el solo uno que sé con certeza) requiere tipeo estático. Unity incluso tiene una directiva "#pragma estricta" que puede forzar la escritura estática en JavaScript por este motivo, pero eso me lleva a mi segundo motivo ...
En segundo lugar, el JavaScript en Unity no es del todo igual que JavaScript en un navegador. Esto crea problemas cuando intenta aplicar conocimiento de Unity externo (es decir, la mayoría de los recursos sobre JavaScript) a la programación en Unity. Es por eso que muchos desarrolladores de Unity se refieren al lenguaje como UnityScript.
Ahora para abordar sus preguntas específicas:
¿Hay una diferencia de rendimiento notable?
En realidad no, no ( algunos detalles )
¿El código de JavaScript está empaquetado tal cual? Y si es así, ¿ayuda esto a la moda del juego?
Depende de la plataforma, y no, esto realmente no ayuda a la moda
¿Es posible usar bibliotecas desarrolladas para un idioma mientras se desarrolla en el otro?
Creo que sí (aunque nunca he necesitado hacer esto, porque todas las bibliotecas que uso se programaron en C #)
¿Es posible mezclar los dos idiomas en el mismo proyecto de Unity codificando algunas partes en C # y otras en Javascript?
Sí (aunque trato de evitarlo, por razones de coherencia)