En pocas palabras, se centran en diferentes propósitos.
CoreGraphics: composición y gráficos vectoriales. Si solo los necesita, CoreGraphics es una buena opción.
CoreAnimation: anima capas de objetos 2D.
OpenGL se encuentra debajo de esos dos (y CoreImage / CoreVideo, también). En virtud de ser de nivel inferior, le da un mayor grado de control. Y requiere que hagas más trabajo al implementar cosas.
Entonces, realmente, depende de lo que necesites hacer. Y tan pronto como esté considerando portar ese juego a otras plataformas, OpenGL parece mucho más atractivo, ya que es compatible en casi todas partes.