Se ha insinuado, pero las otras respuestas no lo han tocado por completo: todo se reduce al costo, y algunos de los costos son más complicados de lo que piensas.
El costo más obvio es que alguien tiene que eliminarlos. Ahora podría poner un pasante en el caso y hacer que busque en los archivos y que elimine los que no se necesitan en el juego real. Pero aún así, tienes que pagar por esto e, incluso si no lo haces (porque eres un monstruo que no paga pasantes), podrías haber tenido a ese interno haciendo algo útil como pedir pizza para el equipo de desarrollo, así que todavía te cuesta.
El costo menos obvio es que el recurso que está a punto de eliminar fue puesto por una razón: ¿está absolutamente seguro de que la razón es obsoleta? Claro, escribiste este código para una demostración y ya no lo necesitas, pero ¿es eso completamente cierto? ¿Escribió una función útil que olvidó migrar a las otras bibliotecas? ¿Stacey hizo un gráfico realmente genial para la demo que terminó en el juego real? ¿Un simulador interno todavía hace uso de ese nivel anterior que usabas para las pruebas?
Hacer juegos es un negocio. Incluso si no es un negocio para hacer dinero, sigue siendo un negocio con recursos limitados. Cada decisión requiere un análisis de costo-beneficio, incluso si no va a escribir casos de negocios para cada uno. Y el simple hecho es que el costo de dejar esos activos en el juego es una descarga ligeramente mayor, y los beneficios son un riesgo significativamente menor de que algo explote justo antes del lanzamiento.
Todos esos signos de interrogación en el párrafo "menos obvio" representan incertidumbre. Simplemente no lo sabes. Y cuando administra un negocio, tiene que cambiar sus incógnitas por conocimientos. Y lo que se sabe es que el paquete que construiste pasó las pruebas, incluso si tiene un poco de hinchazón.
Existen otros costos potenciales, como la filtración de información sobre el proceso de desarrollo que podría usarse para derivar piratas informáticos, pero si realizó el proceso de prueba tal como está, no debería preocuparse realmente por eso.
tl; dr: Nadie notará una descarga un 4% mayor, pero lo notarán si rompiste el juego eliminando los archivos necesarios.