Minecraft guarda los datos mundiales y los datos del jugador. Los datos de salvar el mundo se realizan en modo multijugador y un jugador con el mismo método. Guarda todo en un solo .mcr
archivo.
Las versiones anteriores de Minecraft guardaban los datos en una estructura de archivos con muchos archivos, lo que fue más lento, creo.
No lo sé exactamente, pero supongo que una base de datos para salvar el mundo no sería la mejor, porque los datos se guardan en intervalos de aproximadamente 15 minutos y una base de datos no está diseñada para guardar todos los datos al mismo tiempo.
Los datos del jugador en los servidores multijugador se guardan en un .dat
archivo. No creo que los datos de este reproductor se guarden en una base de datos SQLite o algo similar, porque usar una base de datos para solicitar una vez y guardar cada 5 minutos aproximadamente no es lo mejor.
Para resumir:
creo que Notch ni siquiera usa ninguna base de datos, porque no tiene sentido ya que todos los datos se guardan en la memoria y solo se guardan en intervalos de minutos.