Hice algunas búsquedas en Internet y no encontré a nadie que hubiera realizado un intercambio directo. De acuerdo, probablemente la mayoría de estos reemplazos ocurrieron antes de la existencia de Internet ;-). Como estoy seguro de que ya sabe (pero para ser exhaustivo), los diseños modernos de bombas de difusión utilizan fluidos de trabajo sintéticos .
Probablemente requerirá un ajuste fino de las temperaturas del calentador y el enfriador, pero no veo ninguna razón por la que no funcione. Si tiene medios para medir el nivel de vacío, podría atravesar algunas temperaturas diferentes para encontrar empíricamente sus nuevas condiciones de funcionamiento ideales.
En el peor de los casos, la eficiencia de bombeo será menor porque el diámetro de la boquilla se diseñó para partículas de mayor densidad. Sin embargo, no soy un físico de vacío, así que quién sabe, puede funcionar incluso mejor que antes ;-)
Otro posible problema es que puede tener más flujo de retorno del aceite en la cámara de vacío, lo que resulta en niveles inaceptables de contaminación por aceite. Quizás el desconcierto que mencionaste se encargará de esto; difícil de decir sin algo de experimentación.
Siempre y cuando no llegue oxígeno al aceite durante la operación, no fallará catastróficamente, ¡así que pruébalo y cuéntanos cómo te fue!
Referencia:
buena descripción de los fluidos de trabajo de la bomba de difusión
Algunos buenos antecedentes o mercurio como fluido de trabajo de la bomba de difusión