No, no es posible volver a cargar la configuración modificada y hacer que Emacs se comporte como si esas modificaciones ya estuvieran en su lugar cuando se cargó Emacs. En resumen, los paquetes de Emacs tienen demasiada libertad para que esto sea factible.
Usted menciona que algunos modos principales no recogen los cambios de configuración. Una razón probable para esto es que habilitar el modo establece algunas variables locales de búfer basadas en los valores actuales de ciertas opciones. Sin volver a habilitar dicho modo en cada búfer que lo usa, no se recogerán todos los cambios. Y aun así, es muy posible que algunas cosas permanezcan sin cambios. Las probabilidades de que esto funcione son mayores cuando las opciones se personalizan mediante un custom-set-variablesformulario, pero esto debe implementarse explícitamente para todas y cada una de las opciones. Y hasta ahora solo hemos hablado sobre los modos principales y sus opciones ...
Podría intentar implementar un comando para volver a habilitar el modo principal de cada búfer. Pero es poco probable que habilite completamente todos los cambios y, lo que es peor, deshabilite todos los modos menores que haya habilitado manualmente y pierda todo tipo de otro estado.
Por esa razón, incluso recomendaría no eval-bufferutilizar su archivo de inicio para recoger tantos cambios como sea posible. Evalúe las configuraciones cambiadas individualmente usando eval-last-sexpy si eso no funciona, entonces debe reiniciar Emacs.
Cómo se puede preservar el estado cuando Emacs está cerrado es una pregunta diferente que debe hacerse por separado.