Finalmente, dejé de confiar en el directorio actual, ya que era demasiado intrusivo y otras cosas como ido donde terminaba siendo afectado ...
En cambio, uso agregado mi directorio de compilación a compilation-search-path
(add-to-list 'compilation-search-path "/path/to/build")
Encontrado en esta pregunta: ¿Cómo ajustar la ruta que el compilación-error de compilación de Emacs obtiene del búfer de compilación?
La pregunta también explica que el comparador de directorios puede cambiar el directorio automáticamente si se emiten algunas cadenas particulares:
Entering directory `...'
...
Leaving directory `...'
Esto también es personalizable aparentemente.