Respuestas:
Simplemente escriba en latexlugar de pdflatexen el C-c C-cindicador. TeX-PDF-modeconfigura el motor TeX para pdflatex automáticamente. El comando que está ingresando en el símbolo del sistema solo es representativo de lo que desea que haga emacs, es decir, compilar latex, ver el archivo pdf, viewetc. Los comandos reales que el prompt puede aceptar se dan en la variable TeX-command-list.
Lo mismo funciona para cualquier otro motor, digamos xetex. Se configura TeX-engineen xetex y llama latexen el C-c C-cindicador.