Supongo que por la descripción, ¿estás ejecutando python en el búfer de shell? Puede tener más sentido ejecutar python como un comando síncrono, o al menos usarlo compilepara ejecutar python.
Si usa compile, creo que es más fácil vincular una clave a eso y luego usar C-x `( command-next-error) o M-g n, M-g p( next-error, previous-error) para saltar a través de los errores con el análisis de errores incorporado.
Acabo de probar usando el incorporado python-mode, y C-c C-cejecuta lo python-shell-send-bufferque inicia Python y le envía el búfer. El shell de Python parece ser consciente de errores, por lo que las llamadas repetidas C-x `saltarán a cada línea con un error.
¿No estoy entendiendo lo que quieres decir con "matar la salida anterior"? ¿Estás tratando de superar los errores mientras ejecutas el programa simultáneamente?