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No creo que pueda bloquearlo sin conectar hardware adicional. Cortocircuito de poder a tierra lo hará. Intentar obtener o drenar demasiada energía a través de un solo pin podría hacerlo, pero es más probable que se queme ese pin.
Lo que haces en el software no debería ser capaz de bloquear el Arduino. Las lecturas / escrituras repetidas de EEPROM podrían quemar las células EEPROM, pero eso no obstaculizaría todo.
Wackyvorlon tiene razón en que puede configurar fusibles para que sea imposible programar de la manera habitual. Sin embargo, incluso eso es reversible con el uso de un programador de alto voltaje. El IDE de Arduino te oculta los fusibles, por lo que esto no es una gran preocupación. Una vez que comience a programar AVR directamente o edite el archivo de placas en el entorno Arduino, esto puede ser un problema mayor.
Puedes acercarte bastante a taparlo con los fusibles. Según tengo entendido, la configuración de fusibles con ranuras se puede corregir con un programador de alto voltaje.
Mientras usaba 10 de las unidades Decimalia en una gran matriz de sensores, tuve 2 de ellas de diferentes procesos de fabricación que murieron en el curso del desarrollo. Las entradas y salidas estaban optoaisladas externamente, por lo que no se debió a la corriente o al voltaje parásito. Puse las fallas a dos posibles fuentes. Una es que se bloquearon debido a fallas de fabricación, probablemente internamente en los circuitos integrados. El segundo fue porque podría haber sido posible bloquear la unidad dañando el cargador de arranque. Después de las fallas, las unidades no pudieron ser reconocidas como un dispositivo legítimo por la computadora de programación. Todavía los uso para sensores y registro de datos. No he tenido más problemas en ningún otro proyecto.