Hay muchas razones por las cuales los pinouts son como son.
Lo más fácil de abordar primero son los pines de alimentación / tierra. Los chips avanzados organizarán sus pines de alimentación / tierra para minimizar la inductancia y reducir el "área de bucle" de las señales más la ruta de retorno de la señal. Esto mejorará la calidad de la señal y reducirá EMI / RFI. Lo peor que puede hacer por la alimentación / conexión a tierra es lo que se hizo en las piezas originales de la serie 74xxx con alimentación en una esquina y conexión a tierra en la otra. Xilinx tiene un libro blanco sobre su arreglo de "chevron escaso" que es interesante. Si busca en su sitio web, tienen muchos otros documentos y presentaciones que hablan sobre él con resultados medidos reales y otras cosas. Otras compañías han hecho cosas similares sin todo el bombo y la documentación.
Para los MCU donde la mayoría de los pines son configurables por el usuario, realmente no hay una buena o mala manera de hacer los pines (excluyendo la alimentación / tierra). Está casi garantizado que, hagan lo que hagan, estará mal. Es muy parecido a que nosotros compremos un vestido para la esposa; no importa qué, será del tamaño, estilo, color, ajuste, etc. incorrectos. Puede compensar en el software utilizando diferentes pines GPIO o PCB creativo enrutamiento, o por enrutamiento de PCB no creativo (también conocido como simplemente agregar más capas).
Otra posibilidad es que los pines se hayan optimizado para enrutar la PCB en capas mínimas, pero no lo estás viendo. Las CPU, por ejemplo, que requieren conectarse a un conjunto de chips específico (o RAM) a menudo tienen sus pines diseñados para facilitar esa interfaz / enrutamiento. Esto es común en cosas como CPU de Intel con conjuntos de chips Intel. Esa es la única forma en que puede obtener dos BGA de más de 800 bolas para conectarse entre sí en una PCB de 4 o 6 capas llena de otros planos de potencia / tierra. En estos casos, a menudo hay notas de aplicaciones que explican cómo hacer el enrutamiento.
Y la tercera posibilidad es que sea tan simple como "así fue como terminó". Es similar al enfoque de "lo que sea que hagamos, estará mal", por lo que simplemente hacen lo que sea más fácil o más barato. No hay magia real aquí o misterio aquí. En el pasado, había chips que eran populares, pero la gente se quejaba de los pines, por lo que años más tarde saldría otra versión de la pieza que es funcionalmente la misma pero con los pines movidos para facilitar el enrutamiento de PCB.
No importa qué, al final "es lo que es" y simplemente nos ocupamos de eso. Honestamente, no causa demasiados problemas, y estamos tan acostumbrados que no nos molesta (mucho).