Una posible causa de la decisión de diseño fue que era una restricción de empaque / presupuesto. Tenían el modelo 4040 que estaba empaquetado con 16 pines y pudieron fabricar un nuevo contador con diferentes características con relativa facilidad manteniéndolo tan similar:
El 4060 agrega dos dígitos adicionales al contador junto con dos pines para conectar directamente un oscilador de cristal. Entonces esto significaría cuatro pines adicionales. Entonces, para mantener el contador en el mismo número de pines, tuvieron que omitir la salida de algunos de los bits del contador. Me parece algo arbitrario qué pines omitirías. Los dos MSB del contador parecen ser los más importantes, ya que esos dos son una de las principales características que lo diferencian del contador 4040.
El 4040 proporciona un contador con una gran cantidad de bits (12) y sin preescalador. El 4060 proporciona dos contadores diferentes con preescaladores diferentes. Hay un contador de 6 bits con un preescalador de reloj / 16 o un contador de 4 bits con un preescalador de reloj / 1024.
Al final, el 4060 parece que fue diseñado para proporcionar características complementarias con el 4040. El 4040 no tiene conexiones de oscilador, donde el 4060 sí. El 4060 puede dividir el reloj 4 veces más lento que el 4040 (el 4040 puede preescalarse por / 2, / 4, etc., omitiendo los LSB). El 4060 no proporciona un contador con una gran cantidad de bits, mientras que el 4040 sí.
No tengo ninguna fuente para respaldar mis afirmaciones, así que trata esta respuesta como parcial y con cierto escepticismo.