No hay forma de hacer esto en Altium sin escribir un script personalizado. Nos hemos encontrado con el mismo problema al colocar designadores en la capa de ensamblaje para que todos estén correctamente orientados.
El problema con su foto "Después" es que no está claro de inmediato qué etiqueta corresponde a qué componente. Es mucho, mucho mejor que los designadores mantengan el mismo espacio que los componentes. Entonces, si sus componentes se colocan a 0.100 "en el centro entre sí, entonces sus designadores también están a 0.100" en el centro. Su CM le agradecerá cuando necesite solucionar problemas de tableros. También le recomiendo que tienda sus vias y use puntos de prueba SMT en las redes críticas para permitir la prueba.