Por lo general, su máscara de pasta no expondría los agujeros pasantes. La razón por la que no di más detalles fue porque interpreté la pregunta como no tan matizada como algunos de los otros que decidieron responder.
Al elaborar (por demanda popular), cuando diseña una PCB en prácticamente cualquier paquete moderno de CAD eléctrico (Eagle, KiCAD, Mentor Graphic, Altium, Cadence, Zuken, etc.), el último paso (*) antes de enviar su placa para ser producido es generar el "material gráfico de capa" (también conocido como archivos Gerber) que el fabricante de PCB puede usar para construir su placa.
Una de esas capas será la capa Pasta (también conocida como Crema) para el lado superior (también conocido como Componente) y otra para el lado inferior (también conocido como Soldadura) del tablero. Esas dos capas no tienen valor para el fabricante de PCB. Sin embargo, son de interés para quien esté haciendo el ensamblaje de su PCB, ya que generalmente usarán estos archivos para hacer una plantilla sobre la que se puede arrastrar la pasta de soldadura para depositar la pasta de soldadura en todos los paneles expuestos donde se colocarán los componentes (a menudo por una máquina Pick and Place, pero también puede ser manual para pequeños diseños / volúmenes) antes de pasar por un proceso de reflujo controlado por perfil de temperatura. CasiNunca (en 2019), diría, las almohadillas de orificio pasante (donde eventualmente se llenarán sus componentes de orificio pasante) están expuestas en esta plantilla de soldadura, y por lo tanto no se depositará soldadura en esas almohadillas, y hay muy poco riesgo de que la soldadura fluya hacia ellos o sus agujeros asociados durante el reflujo.
El riesgo de reflujo se mitiga aún más con otra de esas capas de Gerber, llamada capa de máscara de soldadura. Durante la fabricación de PCB, esta capa actúa como otra plantilla para definir dónde no aplicar una capa de película que es fóbica de soldadura (no se adhiere a ella). Por lo general, tanto las almohadillas de orificio pasante como las almohadillas de montaje en superficie están expuestas a través de la capa de máscara de soldadura, y la exposición de la máscara de soldadura es un poquito más grande que la soldadura para que pueda soldar los componentes a la PCB con pasta de soldadura aplicada y soldadura manual .
Debido a estos dos factores, lo más probable es que no experimente ningún problema primero haciendo un reflujo SMD y luego poblando y soldando piezas de orificio pasante.
(*) Muchos fabricantes en estos días aceptarán un archivo de diseño nativo de estas herramientas (por ejemplo, el archivo .brd de Eagle) y sintetizarán los artefactos de Gerber. Creo que es una buena idea hacer esto por mí mismo y revisar los Gerbers por mí mismo en un visor de Gerber, pero dependiendo de cuánto confíes en tu fabricante, eso podría considerarse "vieja escuela".