Con más detalles sobre el rango de voltaje de entrada y salida, se puede proporcionar una mejor respuesta.
Para medir la fase, como dice Steven, suponiendo que sean de igual amplitud y linealidad, puede restar, pero esta es una señal de variante de tiempo, no una salida de fase de CC, por lo que uno podría usar un detector de pico para rectificar esa señal y mezclar el resultado para generar un voltaje de CC para diferencia de fase.
La amplitud debe normalizarse (lo mismo) para que se usen rebanadoras lineales o limitadores, así como puertas XOR (que es una puerta lógica que también funciona aquí como un mezclador / detector de fase para señales de nivel lógico).
También hay muchas otras formas, como detección de bordes, reloj de diente de sierra S&H y contadores de intervalo de tiempo.
.. Una mejor manera que sugiero es el chip 4046 PLL.
¿Quieres 0 ~ 180 deg = 0 a Vdd? luego use el chip TYPE I "XOR gate" o 0 ~ 360 grados y luego use el detector de fase de detección de borde Tipo II.
El chip CMOS 4046 PLL es muy fácil de usar y existe desde mediados de los 70, cuando lo usé por primera vez.