No creo que haya mucho riesgo de corrupción de datos a temperaturas de reflujo durante un ciclo corto, aunque tal vez le quite una pequeña fracción de la vida útil de retención.
La mayoría de los principales proveedores de microcontroladores le venderán dispositivos preprogramados con su firmware, por lo que es lógico que esperen que los suelde. Estoy hablando de preprogramados en flash, no enmascarar ROM, y se puede hacer en cantidades modestas.
También es una práctica común de ingeniería inversa desoldar un CI flash de una PCB para leerlo.
Hay ciertos tipos de memoria no volátil más exóticos a los que esto definitivamente no se aplica: los datos almacenados en la RAM de cambio de fase no sobrevivirán al reflujo, y los MRAM antiguos de IIRC también eran susceptibles, aunque hoy en día los fabricantes de MRAM dicen que no es un problema.