Me he encontrado con bastantes ingenieros de entornos no relacionados que ponen componentes despoblados en la lista de materiales. Algunos harán una sección claramente etiquetada DNP en la parte inferior, otros los dejarán dispersos por toda la lista de materiales, pero resaltarán las filas.
Tener una sección DNP parece ser el camino a seguir si debe hacer esto, el único inconveniente que puedo pensar es que tendrá que haber una edición más manual de la salida del paquete CAD. (He sido testigo de esto personalmente, los DNP se cambiaron en el último minuto, la sección DNP no se editó correctamente y se colocaron partes que no deberían haber estado en el tablero). Dejarlos y resaltar las filas parece subóptimo porque fácilmente podría haber filas duplicadas para pobladas y no pobladas, y nuevamente, más edición manual.
No veo por qué esta práctica es necesaria. Una lista de materiales por definición es una lista de cosas necesarias para construir algo. Si un componente no está en la lista de materiales y el dibujo del ensamblaje, no debería estar en el tablero. Agregar componentes que no están realmente allí parece ser una fuente de confusión más adelante para quien ingresa la lista de materiales en el ERP y compra. ¿Qué hace que poner partes despobladas en la lista de materiales logre que dejarlas fuera de la lista de materiales y el dibujo de ensamblaje no lo hagan?