Uso el 4401/4403 como mis transistores Jellybean cuando no importa, y la mayoría de las veces no lo hace. Como usted dice, el 4401 y el 3904 tienen especificaciones similares, pero hay diferencias. El 3904 es mejor a corrientes realmente bajas, pero el 4401 puede manejar corrientes más altas.
La mayoría de las veces, el 4401 es lo suficientemente bueno, así que lo "estandaricé", ya que es más robusto y me encuentro con aplicaciones de 100 mA y más de 100 µA.
Una vez que elija algo como su parte de Jellybean, querrá usarlo siempre que sea lo suficientemente bueno. No desea que la compra y la fabricación tengan que lidiar con más piezas diferentes de las necesarias. Personalmente, creo que el 4401 es una mejor opción para esto, ya que se adaptará a algunas aplicaciones más que el 3904, al menos para las cosas que tiendo a hacer.
Por lo tanto, no uso un 3904 en absoluto. En el caso relativamente inusual donde necesito mucha ganancia a corrientes muy bajas, usaré algo más aún más adecuado. El 3904 está demasiado cerca del 4401 que uso en volumen para que valga la pena almacenarlo.
Si opta por el 3904 como su NPN de Jellybean, entonces aún podría usar un 4401 cuando necesite más corriente de la que el 3904 puede manejar, hasta unos pocos 100 mA. Eso es porque el 4401 es una parte realmente barata en ese rango actual. Más allá de eso, vas a usar algo más, probablemente un transistor de potencia, de todos modos.