Los chips FTDI implementan la pila de protocolo USB. La responsabilidad de este hardware es decirle a su PC qué es (utilizando cierta información de identificación) de modo que su computadora pueda cargar el controlador adecuado para él, y también administrar las transacciones de datos con la PC después de eso: busque puntos finales USB para una mejor explicación de estos procesos.
Una vez que se cargan esos controladores, esto especificaría un conjunto de comandos que su PC puede usar para consultar el chip. Este hardware se encarga de un lado de la ecuación (comunicación con su PC). El otro lado sería un hardware dedicado para administrar el protocolo UART que incluye lógica, buffers y controladores de línea y todo tipo. El conjunto de comandos mencionado anteriormente se usaría para leer o escribir en el hardware de UART. Probablemente debería mencionarse que los dispositivos USB son sondeados por la PC, por lo que en los casos en los que está utilizando un código basado en eventos, su PC está realizando algunas encuestas para determinar que han llegado nuevos datos; esto puede ser diferente de una serie nativa puerto, no lo sabría.
La lógica anterior se puede implementar como un ASIC dedicado o mediante el uso de un núcleo de microcontrolador reducido que ejecuta el firmware en la ROM. Si de hecho es un núcleo de microcontrolador, entonces imagino que el UART está conectado a él como un periférico.