Creo que te refieres a una puerta lógica 'discreta'.
Sí, hay razones por las que puede desear utilizar una puerta externa. Tomaré un ejemplo real: tengo un microcontrolador que controla una señal de reloj a algunas cajas externas. Debe encender el reloj (varios MHz) a la hora determinada por el microcontrolador y no debe emitir ningún pulso 'runt'. Al sincronizar el permiso con el generador de reloj (un flip-flop) y activarlo (una puerta 'y'), se pueden cumplir las especificaciones. No hay forma de hacerlo solo con el micro.
En otro caso, una señal externa de un comparador debe ser habilitada por un temporizador en el microcontrolador. El periférico del microcontrolador tiene la capacidad de alternar con precisión (a tiempo) su pin de puerto, pero no tiene la capacidad de 'y' señales con ese estado de pin.
En algunos casos, los microcontroladores han sido equipados con alguna lógica configurable para cumplir con este tipo de requisito (el 'CLC' o 'celda lógica configurable') en las partes de Microchip, por ejemplo), pero siempre habrá aplicaciones donde el micro fabricante No anticipé la solicitud. De hecho, a veces vinculamos un FPGA completo con cientos de miles de puertas al micro para obtener suficiente lógica externa para cumplir con los requisitos.