Hay ventajas en usar un chip USB separado y dejar que el AVR se comunique a través de su UART.
Una pila USB tiene que responder al sondeo desde la PC host. Esto sucede al menos cada milisegundo. Eso significa que es aún más difícil garantizar una respuesta dura en tiempo real a los eventos, ya que la MCU podría interrumpirse para responder a la encuesta USB del host.
Cuando no hay nada que comunicar, o la MCU quiere enfocarse completamente en una tarea en tiempo real, todavía tiene que responder a algunos eventos de sondeo USB del host, o el host 'perderá' el dispositivo. Entonces es difícil ignorarlo. Un chip USB dedicado, como un FTDI, descarga esas tareas del AVR.
Un pequeño problema es que la pila USB consumirá una cantidad razonable de memoria flash y RAM, por lo que el chip necesita más recursos que un AVR simple.
Además, las dos partes se pueden separar en dos placas, por lo que el USB no es un costo fijo, sino que se puede compartir en varias placas.
Por el contrario, el principal beneficio de usar un AVR con un periférico USB y una pila USB incorporados es que solo hay una parte para comprar y ensamblar.
No lo he verificado recientemente, pero creo que los chips FTDI más nuevos proporcionaron una mayor velocidad de transferencia de datos USB que el USB del AVR. Sin embargo, los AVART UART fueron tan lentos que un AVR con USB es una transferencia más rápida que la combinación de FTDI (o cualquier interfaz USB) que se comunique a través del UART del AVR debido al lento AVART UART.
Editar: FTDI crea otras interfaces que UART. Por ejemplo SPI. No tengo experiencia en usarlos. Algunos AVR admiten transferencias SPI de 9 (quizás 12) megabits. El FTDI es el maestro SPI, que no es ideal. Si el AVR está transmitiendo, podría estar bien, ya que los FTDI tienen amortiguadores, pero recibir podría ser "como beber de una manguera de incendios". AFAIK, tendrá que trabajar en la PC host para que funcione.
La transferencia de mayor velocidad podría ser a través de una placa secundaria Ethernet de 100 Mbits, pero no he visto mediciones de rendimiento.
Estoy feliz de usar otros microcontroladores que AVR. Por lo tanto, podría usar algo con un UART rápido y un controlador DMA que podría mover personajes sin la participación de la CPU. Si ese es un enfoque útil, quizás mire el Arduin Due, o mbed, el ST mbed se llama nucelo, que es de bajo costo.