No veo ninguna razón por la que no pueda crear una huella con almohadillas superpuestas en la parte superior e inferior que va a diferentes pines. Simplemente especifique el agujero como no chapado. Si evita taladrar uno de los agujeros (conviértalo en una almohadilla SMT), puede evitar todos los errores de DRC con poco alboroto (de lo contrario, puede quejarse de que los dos agujeros perforados no tienen suficiente espacio libre).
Altium definitivamente entiende que las almohadillas una encima de la otra separadas por un orificio no chapado no están conectadas.
Editar: solo parece entender esto cuando el agujero no chapado es parte de una sola almohadilla. De lo contrario, piensa que están conectados, incluso con un orificio no chapado.
Intenté esto con una almohadilla simple en la parte superior y una multicapa en la parte inferior, el orificio no plaqueado y el padstack editados para tener cobre solo en la parte inferior y todavía hay un error de cortocircuito en la verificación de DRC, a pesar del orificio no plateado. La vista 3D muestra que el cobre no está allí, por lo que el DRC de Altium no lo está detectando.