En la pregunta, parece estar implícito que el ADC tarda más en devolver el valor en forma de complemento a 2 que en binario directo. Si bien este podría ser el caso en alguna implementación particular de un ADC, no es cierto en general (por ejemplo, la serie MSP430 de microcontroladores tiene un periférico ADC en el chip que informará el valor en binario directo o complemento de 2, pero toma el mismo número de ciclos en ambos casos).
Con eso fuera del camino, la elección entre el complemento de 2 y el binario directo se debe principalmente a cómo funcionan sus transductores y a cómo le gusta procesar sus datos.
En modo binario directo, el ADC le proporciona un número que representa la relación entre la magnitud de la cantidad analógica medida (casi siempre voltaje) y la cantidad de referencia a escala completa. Por ejemplo, un ADC de 10 bits puede devolver valores de 0 a 1023 (inclusive). Si mide un voltaje (digamos, 1.25 voltios) que es la mitad del voltaje de referencia del ADC (digamos, 2.50 voltios), el código binario que lea será la mitad del valor máximo que podría leer, por lo tanto, 512 o más, sujeto a redondeo y no linealidades en el ADC.
Por ejemplo, supongamos que tiene un transductor que informa la cantidad de combustible de cohete en un tanque. 0V significa que el tanque está vacío y 2.5V Voltios significa que está lleno. ¡Tan solo conecte el transductor a su ADC y listo!
Pero tenga en cuenta que en el párrafo anterior, no hay forma de medir voltajes negativos. ¿Qué pasaría si quisiéramos medir el flujo de combustible del cohete dentro y fuera del tanque (y tuviéramos un transductor para hacerlo)? El ADC no puede medir números negativos, por lo que tenemos un problema. Sin embargo, hay una manera fácil de simularlo usando el modo de complemento a 2: en este caso, la salida del transductor se polariza de manera que el punto cero esté a medio camino entre los dos voltajes de referencia del ADC. En otras palabras, los flujos positivos están representados por voltajes entre 1.25V y 2.50V, y los flujos negativos están representados por 1.25V a 0V, por lo que los flujos hacia el tanque darán códigos ADC de 512 a 1023 y los flujos fuera del agradecimiento darán códigos de 511 a 0 (en formato binario directo).
Ahora eso es terriblemente inconveniente. Tenemos que restar 512 de cada medición antes de hacer algo con ella, lo que da números en el rango de -512 a +511. ¡El punto del modo de complemento de 2 es que hace esto por ti!
Sin embargo, es posible que desee utilizar binario directo con un transductor que produzca resultados firmados. Por ejemplo, su transductor podría tener salidas diferenciales: en este caso, desearía restar la salida invertida de la salida no invertida de todos modos, por lo que no hay ninguna ventaja en usar el complemento de 2.