Cuando desinstala un módulo, primero debe deshabilitarlo en el administrador del módulo Drupal. Luego debe desinstalarlo a través de la pestaña "Desinstalar".
Lo mismo ocurre con los temas, primero deshabilítelos en el administrador de temas.
Si, por ejemplo, elimina la carpeta del módulo en el sistema de archivos sin deshabilitar el módulo, Drupal continuará buscando el módulo en el sistema de archivos, lo que puede ocasionar, entre otros errores, el problema que está experimentando.
Consulte también: Evite volver a escanear el directorio del módulo cuando faltan varios módulos
En respuesta al comentario de MPD, deberá hacer algo como
SELECT name, filename FROM system WHERE status = 1;
y haga una referencia cruzada con los módulos en su sistema de archivos. Todos los módulos habilitados, y los temas también, deben estar presentes.
También hay una función (ligeramente adaptada) Martin_Dresden publicada aquí:
https://drupal.org/node/1080330#comment-6520842
function MYMODULE_init() {
$startingtime = microtime(true);
$o = '<p>Checking for dead modules ...</p>';
$result = db_select('system')
->fields('system', array('filename'))
->condition('status', '1', '=')
->execute();
$n = 1;
$m = 0;
foreach ($result as $row) {
$path = DRUPAL_ROOT.'/'.$row->filename;
If (!file_exists($path)) {
$o .= "#$n $path<br>";
$m++;
}
$n++;
}
$timedif = round(microtime(true) - $startingtime,3);
$o .= "Total of $n active modules registered in database. $m dead entries found.<br>";
$o .= 'Query Time: '.$timedif.' seconds';
drupal_set_message($o);
}
Eso puede ayudar a depurar.