Esto es un poco viejo, pero quería hacer lo mismo y no pude encontrar una respuesta en la web. Terminé resolviéndolo solo.
Supongamos que creó un grupo de campos a través de la interfaz CMS con el nombre "group_product_fields". Agregaste algunos campos a ese grupo.
Ahora tiene un nuevo campo incluido en el formulario mediante programación a través de hook_form_alter. Desea agregar ese campo a "group_product_fields". Aquí hay un ejemplo de lo que podría ser el campo:
$form['new_product_field'] = array(
'#type' => 'textfield',
'#title' => t('New product field'),
'#description' => t('Description for this new product field'),
);
Todo lo que necesita hacer ahora es agregar ese nuevo campo al grupo de campos. Para ello, agregue la línea de abajo a hook_form_alter. Se puede colocar en cualquier lugar dentro de él.
$form['#group_children']['new_product_field'] = 'group_product_fields';
Eso es todo. Es posible que desee ajustar el peso del campo para que se posicione como desee. Pero al final esto es realmente simple. :)