Como usted dice, Maria DB es un reemplazo directo y completamente transparente para MySQL. Sus lanzamientos coinciden con la misma versión mayor / menor de MySQL, por lo que casi siempre está en tándem en lo que respecta a las características. Lee los archivos de datos binarios estándar de MySQL, usa el systen my.cnf estándar e incluso tiene un reemplazo directo para InnoDB.
La idea es que, en lo que respecta a su aplicación, cree que se está conectando a un servidor MySQL. Utiliza controladores MySQL, emite declaraciones MySQL completas y recibe respuestas exactamente como las enviaría el servidor MySQL. Sus aplicaciones no notarán la diferencia.
He estado usando a Maria por un tiempo ahora para los sitios de Drupal (también usando Drush ampliamente) y no he tenido un solo problema hasta la fecha. Si está ejecutando la actualización * nix es solo un trabajo de dos minutos.