Columpios y rotondas realmente, depende de su caso de uso ...
Detrás de escena, esencialmente no hay diferencia: ambos tipos de campo relacionan una entidad con otra a través de una ID, por lo que realmente se trata de qué tipo le proporciona los 'adornos' que necesita / desea.
Como mencionó, Taxonomy tiene el widget de etiquetado abierto, lo cual es bueno, pero luego la Referencia de entidad tiene integración de Vistas (a través del Widget de vista de referencia de entidad ), lo que significa que puede definir una vista tan compleja como desee para su widget de selección. También muy lindo.
Y luego está el formulario de entidad en línea que también mencionaste. Obviamente, es una herramienta excelente, pero solo realmente útil si la necesita en su proyecto.
Lo que Taxonomía tiene es que es parte del núcleo y no requiere un montón de otros módulos instalados para funcionar. Pero luego, en una compilación Drupal normal, muchos de esos módulos probablemente ya estarán allí. También mantiene una tabla de índice de términos para nodos que puede ayudar con el rendimiento, pero obviamente solo si relaciona sus términos con tipos de nodos.
Creo que su elección se reducirá a los widgets / formateadores que necesita para una situación particular para ser honesto, es demasiado difícil de llamar :)