Para Drupal 8
Consulta de entidad:
$query = \Drupal::entityTypeManager()->getStorage('entity_type')->getQuery();
$query->condition('field/property', [1, 2, 3], 'IN');
$ids = $query->execute();
Consulta SQL (select), esencialmente lo mismo para otros tipos de consulta.
$query = \Drupal::database()->select('table', 't');
$query->condition('column', [1, 2, 3], 'IN');
...
Para Drupal 7
Ver la respuesta de Berdir.
Para Drupal 6
Puedes hacerlo así:
$nids = array(1, 2, 3);
$placeholders = db_placeholders($nids);
$result = db_query("SELECT * FROM {node} WHERE nid IN ($placeholders)", $nids);
Se necesita db_placeholders en Drupal 6, que creará una cadena que contenga los marcadores de posición necesarios para la matriz de valores dados. Drupal 7 maneja todo esto internamente como lo describe Berdir.