La forma en que ves que esto funciona es puramente la forma en que se ha escrito la IU del menú. La forma en que los menús están estructurados en la base de datos permite todo tipo de otras posibilidades, que cualquiera podría hacer que un módulo haga.
Asumo (no lo sé porque no participé en la construcción del módulo de menú y nunca he investigado esto):
La razón es que en drupal la interfaz de usuario del menú se centra en los menús, no en los elementos del menú.
Esto se debe a que generalmente tiene uno o más menús que desea mostrar en todo el sitio, por lo que agrega elementos de menú a un menú determinado.
La alternativa es que todo gira en torno a los elementos del menú (rutas) y usted va a una ruta y dice "Quiero que esta ruta esté en todos estos menús".
Diría que la decisión se tomó (incluso si fue una decisión. Es muy posible que se haya escrito de esta manera y nadie la haya cuestionado) en función de los casos de uso percibidos.
Personalmente, puedo ver más casos de uso para administrar menús a nivel de menú que a nivel de elemento de menú. Rara vez quisiera ver todos los menús en los que se encuentra un elemento del menú. Por lo general, solo quiero administrar un menú y luego colocarlo donde debe ir en el diseño. Es un menú discreto, por lo que se gestiona de esa manera.
Puedo ver que habría algunos casos de uso para ver todos los elementos de menú de una página determinada, pero definitivamente creo que es menos común que querer ver qué elementos de menú hay en un menú.
Vistas tiene soporte para elementos de menú, por lo que es muy fácil crear una vista de elementos de menú que presente la IU alternativa.