Después de una sensación tonta con drush make y github descubrí que todas las carpetas .git (utilizadas por git para registrar el historial, la configuración, la ubicación de origen, etc.) fueron eliminadas por drush make y he oído hablar de esto antes, pero no me encontré yo mismo ya que no estaba manteniendo los archivos de creación.
Específicamente, drush make elimina la carpeta .git y puede ver que si la ejecuta con la opción --debug
Executing: rm -rf '/tmp/drush_make_tmp_1305733094/__git__/__build__/.git'
En mi archivo make, obtengo 4 cosas de git repo porque deseo rastrear el desarrollo en ellos, 2 de ellos son mis componentes personalizados (1 módulo personalizado y 1 función que registra toda la configuración) y el otro núcleo de drupal y módulo de medios debido a gran volumen de arreglos que reciben. Todo el propósito parece derrotado si no puedo tener las carpetas .git respectivas, pero también estoy seguro de que hay una forma ya que otros están usando drush make con git pero no pudieron encontrarlo en mi búsqueda rápida.
¡Gracias por tu tiempo!
projects[project_name][options][working-copy] = TRUE