Puede ejecutar una consulta personalizada:
SELECT TABLE_NAME, ENGINE
FROM information_schema.TABLES
WHERE TABLE_SCHEMA = 'database_name'
para enumerar todas las tablas en su base de datos y el motor que está en uso para cada una.
Alternativamente, puede iniciar sesión en su base de datos usando phpMyAdmin y seleccionar su base de datos ... verá el motor en la Type
columna en la lista de tablas.
Personalmente, recomendaría Navicat para MySQL , es una GUI MySQL muy agradable y hace que descubrir cosas como esta sea muy fácil.
Fuente: http://www.electrictoolbox.com/mysql-table-storage-engine/