Respuestas:
A pesar de sus instrucciones de no usarlo para agregar JS a cada página, hook_init()le permitirá agregar JS de una manera más sofisticada drupal_add_js().
Dicho esto, es raro que un archivo JS deba cargarse en CADA página, por lo que probablemente haya más optimización que pueda hacer. Consulte también la propiedad FAPI #attachedpara agregar JS a un formulario.