Por coincidencia, vi un video el otro día de un artista que toma rocas de río y las decora con una herramienta Dremel y una broca de diamante. Entonces sí, pueden ser molidos.
Una amoladora angular con una copa de diamante lo haría, pero como dijiste, puede desalojar piedras. Un enfoque más seguro (pero más lento) es utilizar una herramienta Dremel con una broca de diamante (como un tambor o disco). Sienta alrededor de la superficie en busca de áreas puntiagudas y simplemente alise esas manchas. Las piedras se ven pulidas (a menos que sea solo un sellador brillante). Puede volver a pulir las superficies del suelo utilizando discos de pulido sucesivamente más finos (se venden juegos para retocar encimeras de granito; puede encontrarlos en grandes ferreterías o lugares como Amazon).
Por cierto, la molienda producirá mucho polvo de piedra. Selle el drenaje para que no lo obstruya. Use gafas y una máscara contra el polvo. El polvo será extremadamente fino, así que límpielo con trapos húmedos o con una aspiradora con filtración muy fina, como una aspiradora HEPA. Es probable que una aspiradora con una bolsa de recolección regular expulse el polvo del escape.