SET STATISTICS IO ON
En general, el "número de lecturas lógicas" debe ser lo más bajo posible. Las pocas páginas tocadas para completar la consulta, mejor será el plan, ya que (por lo general) será más rápido, un menor impacto en la CPU, la RAM y el disco IO.
Esto lo guiará cuando el cambio de los índices o la refactorización del SQL realmente esté ayudando. Observar el "tiempo de ejecución de milisegundos" variará incluso con el mismo SQL y el plan de consulta: las lecturas lógicas se mantendrán consistentes para cualquier plan de consulta dado.
Además, las "lecturas físicas" deben ser muy bajas (y ser cero y permanecer cero para ejecuciones posteriores). Si esto no lo hace, mire el uso de memoria de su SQL Server (duración de la página, etc.).