Realmente depende de lo que estés haciendo. En general, la velocidad a la que puede abrir un archivo para leer será mejor que la velocidad a la que puede establecer una conexión de red. Entonces, para operaciones muy simples, el sistema de archivos es definitivamente más rápido. Los sistemas de archivos probablemente también superarán a un RDBMS para el rendimiento de lectura sin procesar, ya que hay menos sobrecarga. De hecho, si lo piensa, la base de datos nunca puede ser más rápida que el sistema de archivos en términos de rendimiento bruto.
Para operaciones muy complejas, es probable que el sistema de archivos sea muy lento. Por ejemplo:
Lea 10 líneas de este archivo de mil millones de líneas y luego busque líneas coincidentes en este otro archivo. Te compadezco si tienes que hacer esto. Sin embargo, un buen servidor de base de datos tiene estrategias para hacerlo rápido y bien, de modo que no reinventes la rueda.
Además, realmente necesitas descubrir lo que estás haciendo. ¿Qué datos estás almacenando? ¿Cómo lo vas a transformar? Si se trata de 100k archivos de imagen, su solución se verá muy diferente de si es un directorio para 100k personas. (¿LDAP tal vez? ¿O una base de datos SQL? Depende de lo que esté haciendo, tal vez). La clave aquí es elegir las herramientas que coincidan con lo que está haciendo y que le den espacio para agregar más usos, en lugar de lo que parezca más rápido para algunos caso de uso bastante abstracto. Las bases de datos son herramientas maravillosas, pero no puede obtener una buena respuesta a una pregunta como esta.
Finalmente, la optimización prematura es la raíz de todo mal. Elija herramientas útiles ahora y descubra el resto más adelante.