Sí, absolutamente PUEDE conectarse a una instancia de SQL Server 2000 utilizando SSMS 2012 como cliente. Lo hago todos los días ya que todavía tengo 5 instancias de SQL Server 2000 en mi entorno que administro. Sin embargo, tenga en cuenta que SSMS le presentará algunas opciones basadas en las funciones que están disponibles en la versión de SSMS que está utilizando, y es posible que no pueda realizar esas funciones desde SSMS debido a las diferencias en los comandos entre las versiones.
Y hay algunas cosas que a SQL 2k simplemente no le gusta venir de SSMS. Por ejemplo, si usa la GUI para administrar permisos para un rol de base de datos, prepárese para que SSMS se bloquee en algunas circunstancias. Por esa razón, siempre es una buena idea tener a mano una copia de SQL 2000 Enterprise Manager en algún lugar.